Το σχολείο με την επωνυμία “Γυμνάσιο Αρρένων Ξάνθης” θεμελιώθηκε στις 29-10-1958 από τον τότε βασιλιά Παύλο Α΄ σε μια έκταση 7 στρεμμάτων, η οποία τότε βρισκόταν έξω από την πόλη και σ’ αυτή λειτουργούσε το Φρουραρχείο του στρατού. Για πρώτη φορά το σχολείο λειτούργησε το 1963. Μέχρι το 1976 λειτουργεί ως εξατάξιο Γυμνάσιο Αρρένων, με προσκολλημένο ένα τμήμα Θηλέων “πρακτικό”.

Το 1976 με προεδρικό διάταγμα χωρίστηκε σε δύο σχολεία: το 1ο Γυμνάσιο και το 1ο Λύκειο Ξάνθης, τα οποία λειτουργούσαν εκ περιτροπής.

Το 1ο Γυμνάσιο, λόγω αυξημένου αριθμού μαθητών διασπάστηκε το 1978 και δημιουργήθηκε και το 5ο Γυμνάσιο. Τα δύο σχολεία συνεργάστηκαν για 6-7 χρόνια έως ότου το 5ο Γυμνάσιο πήγε σε δικό του χώρο.

Τον Σεπτέμβριο του 2000 αποχώρησε από το κτήριο και το 1ο Λύκειο. Έκτοτε το κτήριο στεγάζει το 1ο Γυμνάσιο Ξάνθης σε οίκημα τριών ορόφων έκτασης 4.100 τ.μ. και με αυλή 5.100 τ.μ. 

Είναι το μεγαλύτερο σχολείο της πόλης.